学院现有两个研究生专业：

地球物理学，下设两个研究方向：

• 空间天气学：主要研究与国家安全密切相关的发生在日地空间的磁暴、亚暴、辐射带变化等灾害性空间天气的基本物理过程和规律，推动空间科学的发展。

• 空间环境探测仪器科学与工程：面向国家国防和经济建设发展以及空间科学原始创新的重大需求，结合重大航天型号任务，发展先进的空间环境探测技术和精密仪器。

环境科学与工程：环境科学与工程系按环境科学与工程一级学科招收研究生，研究方向包括水污染控制理论与技术、大气污染控制理论与技术、环境生物技术、生态环境材料、能源材料和固体废物污染控制与资源化。最近5年来，共承担国家863计划课题5项，国家自然科学基金课题9项、北京市自然科学基金和航空基金等课题20余项。环境科学与工程系坚持“工程与科学结合、技术与管理结合”的原则，培养了一大批德才兼备的高级人才。毕业生在环境科研、教学、工程实践和管理等领域发挥了骨干作用，受到了普遍好评。